与此同时，异教徒与基督徒之间爆发冲突，引发社会动荡，挑战罗马对这座城市的统治。当基督徒开始亵渎异教神像时，包括奥瑞斯忒斯和希帕提娅的父亲在内的异教徒伏击基督徒，试图压制其日益增长的影响力。然而，在随后的战斗中，异教徒意外地发现自己寡不敌众，被一大群基督徒所包围。希帕提娅的父亲身负重伤，希帕提娅和异教徒们逃入塞拉皮翁图书馆避难。罗马皇帝的使者宣布赦免异教徒，但基督徒可以进入图书馆随意处置，基督徒对图书馆的围攻由此结束。希帕提娅和异教徒们仓皇逃窜，试图保住最重要的卷轴，但基督徒最终占领了图书馆并摧毁了其中的藏品。达武斯选择加入基督教势力。后来，他带着短剑回来，开始性侵她，但很快就开始哭泣，并把剑递给了她。然而，她解下了他的奴隶项圈，告诉他，他自由了。 几年后，皈依基督教的奥瑞斯忒斯担任了亚历山大的长官。希帕蒂娅继续研究太阳、月亮、五大行星（流浪者）和恒星的运动。一些基督徒嘲笑地球是球体的观点，认为远离地球表面的人会从地球上掉下来。当他们询问达武斯的意见时，他避免了争执，说只有上帝知道这些事情。 希帕蒂娅还研究了萨摩斯岛的阿里斯塔克斯提出的太阳系日心说模型；她让一个物体从行驶中的船桅上落下，向俄瑞斯忒斯证明，地球的可能运动不会影响落体相对于地球的运动。然而，由于宗教信仰反对日心说，基督教徒禁止希帕蒂娅在学校任教。基督徒和犹太人之间发生了冲突，并互相发动了暴力冲突。 基督教徒领袖西里尔（萨米·萨米尔饰）认为希帕提娅对俄瑞斯忒斯的影响力过大，于是举行了一场公开仪式，意图迫使俄瑞斯忒斯臣服她。希帕提娅昔日的学生，现任昔兰尼主教的西尼修斯，以宗教权威的平衡力量出手相助，但表示除非希帕提娅皈依基督教，否则他无力帮助她；希帕提娅拒绝了。希帕提娅发现了一个新现象，他推测地球绕太阳公转的轨道是椭圆形，而非圆形，太阳位于其中一个焦点。西里尔说服了一群劝说希帕提娅的基督徒，并说服他们改变主意，于是他们决定用石头砸希帕提娅。当众人外出捡石头时，达武斯偷偷地将希帕提娅闷死，以免她被石头砸死，并告诉众人希帕提娅晕倒了。达武斯在众人开始用石头砸希帕提娅时离开了。