背负感情，奔向未来新的战斗。地球在受到一种名为乌尔加（Urgal）的神秘力量（自称为泛银河统一帝国）的攻击后陷入了生存危机。由为战斗而生的基因改造儿童组成的“兔子队”，伊鹤、浅木、圭、环、骏河和安格，使用最新的战斗装置“AHSMB”进行战斗。他们在进攻乌尔加基地的决战中获胜，但伊鹤在战斗中受重伤并陷入昏迷。浅木和他的朋友们在战舰戈迪尼恩号上为伊鹤的康复祈祷。与此同时，拥有乌尔加王室基因的迪奥娜出现，并率领剩余军队入侵地球。他们的目标是位于Rabbits母校Granzere Toshi Gakuen地下室的“基因”。趁着伊鹤还没有恢复意识，浅木决定“战斗到伊鹤的水平”。兔子队和小鹿队驾驶着新款小智，出发进行最后的战斗。