表面上， 玛丽莎·柯兹·威尔逊（杰西卡·阿尔芭 饰）有着叫人艳羡的生活…嫁给了著名的特务追踪电视新闻记者，刚生下了一个可爱的小宝宝，还有一对聪明伶俐的继子继女，但其实玛丽莎是个退休的特务。 当疯狂的时间控制者（杰里米·皮文 饰）发出警告说要偷走时间并征服全世界的时候，玛丽莎的生活发生了翻天覆地的变化。继女瑞贝卡和继子塞西也被卷入了战争，而他们发现自己无聊透顶的继母居然是曾经最棒的特务。带着令人眼界大开的新奇装备，非常小特务们非常有可能依靠智慧再一次拯救世界，并且让全家人团聚。

表面上，玛丽莎·科特斯·威尔逊（杰西卡·阿尔芭饰）拥有一切……嫁给了一位著名的间谍追捕电视记者，刚刚出生的孩子和一对聪明的双胞胎继子女。但实际上，要照顾丽贝卡（罗文·布兰查德饰）和塞西尔（梅森·库克饰）才是她迄今为止面临的最严峻挑战，而他们显然并不欢迎她。此外，她的丈夫威尔伯（乔尔·麦克哈尔饰）即使和间谍住在一起也不会认出他，而玛丽莎正是退休的特工。当疯狂的“计时员”（杰里米·皮文饰）威胁要统治地球时，玛丽莎的世界发生了翻天覆地的变化。她被战略情报局（OSS）的负责人召回，这个机构是顶尖间谍的聚集地，也是现已解散的“非常小特工”部门的成立地。世界末日迫在眉睫，丽贝卡和塞西尔得知他们那令人厌烦的继母曾经是顶尖特工后，被迫采取行动……如今，世界上最好胜的十岁孩子被迫放下争吵，依靠他们的智慧。在卡门（亚历克萨·维加饰）和朱尼·科尔特斯（达里尔·沙巴拉饰）这两个我们非常熟悉的“非常小特工”的帮助下，以及一些令人眼花缭乱的小玩意儿的帮助下，他们或许能够拯救世界，并让他们的家人团聚。