故事发生在1996年,一个平行的战后时期,当时日本处于分裂状态。北海道由“联邦”统治,而本州和其他南部岛屿则由美国统治。北海道上建起了一座高塔,甚至从东京都能看到。1996年夏天,三名中学生约定驾驶一架自制飞机跨越国境,解开这座塔的秘密。然而,随着少女泽渡小百合神秘患病并被转移到东京,他们的计划被迫搁置。多年后,在另一场战争即将爆发之际,藤泽弘树发现小百合自此一直处于昏迷状态,于是他请求白川卓也帮忙寻找唤醒她的方法。